Pierwszy raz duchowi synowie św. Franciszka przybyli do Kowar z pobliskiego Jawora po zakończonej wojnie 30-letniej, by po odzyskaniu przez katolików świątyni prowadzić duszpasterstwo. Byli to: o. Bernardinus Lutke i o. Maxentus Büttner. Jednak posługa zakonników w mieście trwała wówczas jedynie 2 lata (1654-1656).
Ponownie franciszkanie (Bracia Mniejsi Konwentualni) przybyli do Kowar po II wojnie światowej, gdy miasto powtórnie znalazło się w granicach Polski. Od 1945 r. aż do chwili obecnej opiekę duszpasterską nad parafią i kościołem Imienia Najświętszej Maryi Panny. W roku 1971 zakonnicy dokonali erygowania, czyli prawnego ustanowienia klasztoru w Kowarach.
Przez te dziesięciolecia administratorami a później proboszczami parafii p.w. Imienia NMP byli kolejni przełożeni kowarskiego klasztoru:
- o. Olaf Ślepokura (1945-1946)
- o. Eugeniusz Węgrzyn (1946-1947)
- o. Lucjan Maryniak (1947-1950)
- o. Leander Drożdżal (1950-1957)
- o. Kordian Szałajda (1957-1968)
- o. Olaf Ślepokura (1968-1974)
- o. Salezy Kucharski (1974-1980)
- o. Jan Kalembkiewicz (1980-1989)
- o. Euzebiusz Ciaciek (1989-1992)
- o. Marian Godek (1992-2000)
- o. Krzysztof Janas (2000-2008)
- o. Ignacy Tomaszewski (2008-2016)
- o. Jan Grzywna (od 2016)